บริษัท สายการบินนกแอร์ จำกัด (มหาชน) หรือ “นกแอร์” จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์ 2547 ในชื่อบริษัท สกาย เอเชีย จำกัด และ เปลี่ยนชื่อเป็น “บริษัท สายการบินนกแอร์ จำกัด” เมื่อวันที่ 16 มกราคม 2549 ต่อมาเมื่อวันที่ 18 มกราคม 2556 บริษัทได้จดทะเบียนแปร สภาพเป็นบริษัทมหาชน และหุ้นสามัญของบริษัทได้รับการจดทะเบียนเป็นหลักทรัพย์จดทะเบียน โดยเริ่มเข้าทำการซื้อขายใน ตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย เมื่อวันที่ 20 มิถุนายน 2556
ในปี 2557 บริษัทได้เล็งเห็นโอกาสในการขยายธุรกิจโดยการเปิดเส้นทางบินระหว่างประเทศ จึงได้เข้าร่วมทุนกับสายการบินสกู๊ต โดยจัดตั้ง สายการบินนกสกู๊ตขึ้น เพื่อดำเนินธุรกิจสายการบินราคาประหยัดระหว่างประเทศ เพื่อเพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขัน